Se evalúan los efectos de la operación de la central y el uso de la cuenca, en la fauna íctica.
Se controla la actividad reproductiva de las especies migratorias, mediante el estudio de larvas y huevos para determinar la zona de desove y se realizan controles del funcionamiento de la escala de peces.
Respecto de la presencia de mejillón dorado (especie exótica) se estudia su actividad reproductiva y se controla el efecto sobre el ecosistema, principalmente en el embalse de Salto Grande.
La información sobre el zooplancton del embalse de Salto Grande, acumulada desde 2004, es sin duda la más extensa e intensiva para un cuerpo de agua dulce de la Argentina, y probablemente del mundo.
