Dentro del predio de Salto Grande habitan 29 especies de mamíferos nativos y 5 exóticos. No hay especies consideradas amenazadas a nivel internacional, pero si, siete especies con cierto grado de amenaza de conservación.
- Carpincho (Hydrochoerus hydrochaeris): Las orejas, narinas y ojos están ubicados en la parte superior de la cabeza por su adaptación a la vida acuática. Cuando sale a respirar o a observar lo que le rodea, casi no sobrepasa la superficie del agua.
- Zorro de monte (Cerdocyon thous): Su dentadura denota alimentación omnívora en la que la carne es la fuente principal de obtención de energía, ya que posee caninos e incisivos que le permiten la captura, corte y digestión de sus presas. A su vez cuenta con molares trituradores adaptados para la masticación de vegetales. Habita bosques nativos. Durante el día se esconde en huecos de árboles. Buen cavador. Sus huellas son similares a las de un perro, pero más pequeñas y ovaladas. La disposición de las pisadas permite conocer la marcha que lleva el animal.
- Guazubirá (Mazama gouazoubira): Especie vulnerable. Habita bosques y sus cercanías en campo abierto. Si se siente en peligro huye ágilmente y se oculta en la vegetación. Buen nadador. Herbívoro.
- Coipo o nutria (Myocastor coypus): Cabeza rectangular. Cuenta con poderosos incisivos de color anaranjado con los que corta vegetación acuática, aunque también incursiona en campos para procurar alimento, siempre cerca del agua. Especie víctima de caza furtiva. Roedor que habita bañados, esteros, lagunas, tajamares y cursos de agua. La hembra tiene mamas laterales, lo que le permite amamantar a sus crías en el agua. Herbívoro. Sus huellas son sencillas de identificar. Si están bien marcadas es posible apreciar la membrana interdigital y las puntas de las uñas. Las pisadas anteriores son casi circulares, las posteriores más alargadas.
- Lobito de río (Lontra longicaudis): Especie vulnerable. Víctima de caza furtiva por su piel. Mamífero semi acuático que habita lagunas, tajamares y corrientes de agua. Muy buen buceador. Carnívoro. Posee membranas interdigitales muy bien desarrolladas, las cuales pueden identificarse en sus huellas.
- Gato montés (Oncifelis geoffroyi): Felino de hábitos nocturnos y crepusculares. Prefiere bosques espesos. Agudo sentido visual y auditivo. Muy ágil. Pasa el día oculto en troncos huecos. Carnívoro. Las huellas de los felinos no suelen tener la marca de sus uñas ya que éstas son retráctiles.
- Tatú peludo (Euphractus sexcinctus): Caparazón formado por placas óseas con pelos blanquecinos (de ahí su nombre común). Presenta de 6 a 8 bandas móviles. Cabeza cónica y achatada en la parte superior. El dorso, la cola y la cabeza están cubiertos por estructuras córneas.
