La represa cumple, además, un rol importante para la región en lo que refiere a las crecidas, contribuyendo a mitigar los efectos negativos de las mismas en las poblaciones y costas.
Cuando ocurren o son pronosticadas lluvias de cuantía en la cuenca y se espera una crecida que pueda afectar a las poblaciones aguas debajo de la Central, Salto Grande realiza operaciones para mitigar los impactos.
Estas acciones consisten en bajar el nivel del embalse anticipadamente para poder guardar una porción del volumen de agua de la crecida y erogar un caudal máximo al de ingreso.

Estas operaciones son más eficaces cuanto mayor es la precedencia del pronóstico, por lo que las crecidas en la cuenca próxima son las más complejas de mitigar.

Gracias a la amortiguación del embalse y el aviso diario de la cota que se informa con anticipación, Salto grande disminuye el impacto de las crecientes.
Información obtenida del video de la delegación del Uruguay (manejo de crecidas)
Vertedero:
Para evacuar el excedente de agua, la central cuenta con un vertedero equipado con 19 compuertas radiales de accionamiento hidráulico, que pesan 170 toneladas cada una .su capacidad de evacuación es de 61.530 m3 por segundo.